Általánosan elfogadott, hogy a Zóna instabil, de még instabilitásának is megvannak a maga határozott alapjai. Így például mindenki tudja, mire számíthat a Kordonoknál, illetve a határt ellenőrző katonaságtól. A terület egy része Hvorosztyin tábornok parancsnoksága alá került. És az új seprű új módon seper. Hvorosztyin biztos benne, tudja, mit és hogyan kell megszervezni a Lezárt Zónában. A tábornok a saját feje után megy, közben űzi a maga játékait. Ambíciói ráadásul sokkal tágabbak, mint a Határvidék feletti ellenőrzés. Az egész Zónát akarja a hatalmába keríteni. A S.T.A.L.K.E.R.-Tisztogatás a világhíres univerzum legújabb története.