9. augusta 1945 americký bombardér B-29 zhodil atómovú bombu na japonské mesto Nagasaki. Výbuch v okamihu zabil desaťtisíce ľudí a tisíce ďalších zranil alebo otrávil. Medzi preživšími bol aj Takaši Nagai, priekopník v oblasti rádiologického výskumu a konvertita na katolícku vieru. Nagai žil v troskách zničeného mesta a trpel leukémiou, ktorú spôsobilo nadmerné ožiarenie. Zvyšok svojho života venoval fyzickému a duchovnému uzdravovaniu svojho vojnou vyčerpaného národa. Pieseň pre Nagasaki rozpráva dojímavý príbeh tohto mimoriadneho človeka. Odhaľuje inšpiratívny príbeh Nagaiovej pozoruhodnej duchovnej cesty od polyteistického národného náboženstva cez ateizmus až po katolicizmus. Po katastrofe, ktorá pripravila o život obrovské množstvo ľudí vrátane Nagaiovej milovanej manželky Midori, sa tento lekár vrhol do služby obetiam tragédie, nedbajúc na smrteľné žiarenie, ktorého následkom podľahol vo veku nedožitých štyridsiatich troch rokov.